经30多年的改革开放使经济迅猛发展，同时也带来了诸多环境问题，尤其是流域水污染十分突出，严重制约着流域社会经济和环境的可持续发展。
1.2流域水污染状况[1]2003年度7大水系409个重点监测断面中，38.1%的断面满足Ⅰ～Ⅲ类水质要求，32.2%的断面属Ⅳ、Ⅴ类水质，29.7%的断面属劣Ⅴ类水质。其中七大水系干流的118个国控断面中，Ⅰ～Ⅲ类水质断面占53.4%，Ⅳ、Ⅴ类水质断面占37.3%，劣Ⅴ类水质断面占9.3%。各水系干流水质好于支流水质。
长江水系：国控监测断面103个，其中Ⅰ～Ⅲ水质比例占71.8%，Ⅳ～Ⅴ类占17.5%，劣Ⅴ类占10.7%。长江水系的主要污染指标是石油类、氨氮。
黄河水系：国控监测断面44个，劣Ⅴ类水体占38.7%。干流22个断面中Ⅱ～Ⅲ类水质占3l.8%、Ⅳ～Ⅴ类占54.6%、劣Ⅴ类占13.6%，干流水质好于支流。
珠江水系：珠江水系水质总体良好。33个国控监测断面中，81.8%的断面为Ⅰ～Ⅲ类水质，12.1%的断面属Ⅳ类水质，6.1%的断面属劣Ⅴ类水质。主要污染指标是挥发酚、氨氮和石油类。
松花江水系：41个国控监测断面中，Ⅲ～劣Ⅴ类水质比例分别为：7.7%、64.1%、10.3%和17.9%。嫩江和松花江干流以Ⅳ类水质为主。主要污染指标是石油类、氨氮和高锰酸盐指数。
淮河水系：86个国控监测断面中，Ⅱ～Ⅲ类水质断面占18.6%，Ⅳ、Ⅴ类水质断面占41.9%，劣Ⅴ类水质断面占39.5%。淮河干流14个断面中，Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ类水质比例分别为14.3%、21.4%、57.1%和7.1%。56.8%的省界河段水质为劣Ⅴ类。主要污染指标为氨氮、石油类和生化需氧量。
海河水系：65个国控监测断面中，Ⅰ～Ⅲ类水质的断面占21.5%，Ⅳ、Ⅴ类水质的断面占24.6%，53.9%的断面为劣Ⅴ类水质。海河水系污染仍严重，但与去年相比水质有所改善。海河主要污染指标为氨氮、生化需氧量和石油类。
辽河水系：37个国控监测断面中，满足Ⅲ类水质要求的断面占29.7%，Ⅳ、Ⅴ类水质的断面占29.7%，劣Ⅴ类水质断面为40.6%。辽河水系总体水质属中度污染。主要污染指标为生化需氧量、石油类和挥发酚。
湖泊水库：2003年度监测的28个重点湖库中，满足Ⅱ类水质的湖库有1个，占3.6%；Ⅲ类水质湖库有6个，占21.4%；Ⅳ类水质湖库有7个，占25.0%；Ⅴ类水质湖库有4个，占14.3%；劣Ⅴ类水质湖库有10个，占35.7%。主要污染指标为总氮、总磷。太湖、巢湖处于轻度、中富营养状态，滇池处于重度富营养状态。
综上所述，上述7大水系中污染较严重的为淮河、海河和辽河水系，其中主要污染物为氨氮、石油类、BOD和COD等。水污染程度与地区降雨量有关，在年降雨量为650mm以上的地区，水流域的Ⅰ～Ⅲ类水质百分率较高。
